Ныне существующая каменная церковь Михаила Архангела была заложена в 1657 г. Её строительство продолжалось более 20 лет. В архитектурном облике соединились типичные черты церквей раннего периода и более поздней эпохи – большие удлинённые окна, изразцовая отделка крыльца, четырёхскатная крыша. Расписана церковь была в 1731 г. В ней хранилось несколько чтимых икон – образ Богоматери Владимирской, храмовая икона Михаила Архангела (ныне находится в Третьяковской галерее), а также икона Смоленской Богоматери, по версии краеведа И. А. Тихомирова, привезённая князем Фёдором Чёрным из Смоленска около 1238 г. Приход церкви, довольно значительный в 1781 г. для этой части города (234 человека) в начале XX в. сократился до 82. Церковь была закрыта в январе 1924 г., на следующий год с неё сняли на переплавку колокола. В последующие годы церковь использовалась как складское и жилое помещение. С 1930 г. в ней располагались реставрационные мастерские. Здание передали Церкви в 1992 г. 25 мая 1995 г. церковь получила статус гарнизонной.

К летописи Ярославской Михаило-Архангельской церкви // Ярославские епархиальные ведомости. Часть неофициальная. 1893. № 29. С. 459-462.

Козлов П. И. Ярославль: путеводитель. Ярославль, 1956. С. 125-126.

Рутман Т. А. Храмы и святыни Ярославля. Ярославль, 2008. C. 79-83.

Трацевский Б. Н., библиограф отдела краеведения ЯОУНБ им. Н. А. Некрасова