Родился в 1827 г. в дереве Кузовлево Рыбинского уезда (ныне – Рыбинский район), в семье крепостного крестьянина. Работать начал у помещицы Смирновой, которая вскоре дала ему вольную и направила приказчиком в мануфактурный магазин в Санкт-Петербурге. Благодаря своему таланту и трудолюбию, за 7 лет М. Е. Комаров стал купцом I-й гильдии, а в 1871 г. он получил звание потомственного Почетного гражданина Санкт-Петербурга. Купец обладал огромным авторитетом даже среди московских фабрикантов. Не случайно М. Е. Комаров был делегатом от московских купцов на Всемирной выставке в Вене в 1873 г. За многочисленные заслуги по представлению министра финансов С. Ю. Витте М. Е. Комаров был пожалован в почётные дворяне.

М. Е. Комаров много жертвовал на благотворительность, однако предпочитал нигде не оставлять своей фамилии. Тем не менее, в 1875 г. в Санкт-Петербурге открылась ремесленно-техническая школа, стену которой украшала мраморная доска с надписью: “Сооружено средствами М. Е. Комарова на пользу ремесленного образования бедных детей”. В 1878 г., купив поместье в деревне Вощиково (ныне – Пошехонский район), он устраивает двухклассное начальное училище имени императора Александра II.

5 сентября 1897 г. в Рыбинске состоялось торжественное открытие механико-технического училища и ремесленной школы при нём. К тому времени М. Е. Комарова уже не было в живых. Каменное здание было построено по проекту архитектора Иоссезе на средства, завещанные меценатом, и стало заведением, где начинали свою историю первые профессиональные технические заведения в Рыбинске. Ныне в здании располагается Рыбинская государственная авиационно-технологическая академия имени генерального конструктора П. А. Соловьёва.

Смыслов В.  История Комаровской усадьбы в Вощикове // Пошехонье в русской культуре : материалы Баловских чтений 2003 года. [2004?]. С. 53-61.

Чубукова Ю. И. Талант щедрости // Вестник Рыбинского отделения Русского исторического общества/ Рыбинск, 2004. № 3. С. 60-64.

Трвцевский Б. Н., библиограф отдела краеведения ЯОУНБ им. Н. А. Некрасова