Мирское имя его неизвестно. Родился в Ростове в 1455 году. Отца звали Федором Крюковым. Его дядя, брат отца, Лукиан был дьяком Великой княгини Марии Ярославны, жены Василия Второго Васильевича (Темного). Лукиан оказал большое влияние на племянника, который в юности приехал к дяде в Москву и также стал служить дьяком при дворе княгини. Позднее, когда дядя решил уйти в Кирилло-Белозерский монастырь и принять там постриг, 20-летний племянник последовал его примеру и стал Корнилием. 

Корнилий начал свою иноческую жизнь в поварне и хлебне (пекарне), а в редкие свободные часы занимался перепиской церковных книг.

Спустя некоторое время инок Корнилий оставил место своего пострижения и отправился странствовать. Он побывал в разных монастырях, дошел до Новгорода, где святитель Геннадий пытался удержать его при себе. Корнилий уклонился тогда от сана священника и по благословению святителя поселился в пустынном месте недалеко от Новгорода, где жил в безмолвии, претерпевая «многие трудности: и жажду, и голод, и зимний холод, и летний зной - Христа ради».

Потом перешел в Тверскую Савватиеву пустынь и поселился опять не в самой обители, а в близкой пустыни, но когда и здесь его стали посещать люди, Корнилий ушел в Вологодский край, где близ слияния рек Нурмы и Талицы, устроил себе келью из заброшенной хижины.

Путь преподобного Корнилия отнюдь не был куда глаза глядят: к тому времени уже более века разносились вести о Северной Фиваиде. ( «Бескрайние лесные просторы ярославского Заволжья и Вологодчины историки церкви называли «русской Фиваидой» или «Северной Фиваидой». Потому что здесь, как «в колыбели Христианского монашества» - египетской пустыне Фиваидской, было все для уединенного монашеского подвига.)

Но и здесь к Корнилию стали притекать ищущие молитвенного уединения. Когда их трудами была воздвигнута в Комельском лесу церковь в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы, «Корнилий, как и его предшественники покорился предначертанию Промысла Божия и принял священный сан». Стремление к пустынножительству было отложено.

В 1515 году в Комельском лесу была выстроена новая, больше прежней соборная Введенская церковь и теплый храм во имя Антония Великого…

«Когда число братии возросло, преподобный написал для братии устав, составленный на основе уставов преподобных Иосифа Волоцкого и Нила Сорского. Это был третий устав, написанный русским святым для монашествующих» - так говорится в современном варианте жития преподобного Корнилия.

Преподобный Нил Сорский (1433-1508,память 7 мая)- жил отшельником в лесных дебрях на р.Соре. Основатель первого на Руси скита. Он проповедовал пустынножительство, безмолвствование, одиночество, «нестяжательство»- отказ не только от личной собственности, но и от общей монастырской собственности. Преподобный Иосиф Волоцкий (1440-1515, память 9 сентября)- жил в монастыре в живописном уголке на Волоке Ламском вблизи Москвы, основанном преподобным, имеющем значительные угодия. Видел будущее Руси в образе «монастыря-обители» во главе со строгим игуменом-царем:он и его сторонники выступали за государственное монастырское общежитие. Он считал, что великокняжеская власть дана от Бога и даже допускал смертную казнь. Значение обоих святых в истории Русской Православной Церкви, да и в истории Руси в целом, общепризнанно. Они были главными идеологами двух направлений в русском православном монашестве. Интересно, что вплоть до 20 века в России вполне мирно сосуществовали и отшельники, и монастыри.

Объединив в себе идеи Нила и Иосифа, устав преподобного Корнилия был очень суров. А иноки и до этого уже роптали на него, среди «роптавших» не было только его ученика Геннадия. Но строже всех изначально святой Корнилий был к себе самому, а не к своей братии. Он знал, что путь Нила очень труден, по нему могут пройти единицы, но его сердцу он был ближе. Для братии он считал, что больше подходит путь Иосифа.

Благодарный ученик и последователь, преподобный Геннадий неуклонно следовал уставу своего учителя.

Устроив обитель, и дав новый устав братии и свое благословение, преподобный Корнилий вместе сосвоим учеником Геннадием удалился на Сурское озеро (Сурбское), где река Обнора впадает в реку Кострому, и стал жить в посте и молитве, обустраивая новую обитель (будущий Любимский Спасо-Преображенский Геннадиев монастырь).

Позднее, по настоянию Великого князя Василия Третьего вернулся в свою Введенскую обитель (в Комельском лесу), которой Великий князь даровал многие земли и средства.

Преподобный Корнилий, воспитав многих подвижников, скончался 19 мая 1537 года.

Мощи преподобного Корнилия утрачены.

Его чудотворная икона есть в соборе Премудрой Софии в городе Вологда.